แม้พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียจะสนับสนุนซูการ์โนแต่ก็ไม่ได้ละทิ้งอุดมการณ์ทางการเมืองของตนเอง ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2503 พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียได้ประกาศถึงการจัดงบประมาณที่ไม่เป็นประชาธิปไตยของซูการ์โน เมื่อมีการจัดตั้งมาเลเซีย พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียได้ออกมาต่อต้านเช่นเดียวกับพรรคคอมมิวนิสต์มลายา การเติบโตของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียในช่วงนี้ทำให้พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียเป็นพรรคคอมมิวนิสต์ที่มีขนาดใหญ่เป็นอันดับสามของโลกรองจากสหภาพโซเวียตและจีน มีองค์กรที่เป็นแนวร่วมมากมาย ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2505 พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียเข้าร่วมรัฐบาล ไอดิตและโยโตได้เป็นที่ปรึกษารัฐมนตรี ใน พ.ศ. 2506 รัฐบาลมาเลเซีย อินโดนีเซียและฟิลิปปินส์ได้ประชุมกันเพื่อจัดตั้งมาฟิลินโด พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียปฏิเสธแนวคิดนี้เช่นกัน ทหารของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียข้ามพรมแดนไปยังมาเลเซียและรบกับกองทหารอังกฤษและออสเตรเลียที่ประจำการอยู่ที่นั่น บางกลุ่มเดินทางไปยังมลายาเพื่อเข้าร่วมการต่อสู้ แต่ส่วนใหญ่ถูกจับตัวได้ กองทหารของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียจะมีกิจกรรมในเกาะบอร์เนียว